2.5. Organisme Pengganggu Tumbuhan Begitu Beranekaragam: Bagaimana Mengenali Mereka?

Pada tiga tulisan terakhir sebelum tulisan ini telah diuraikan OPT golongan binatang, OPT golongan patogen, dan OPT golongan tumbuhan. Setiap golongan OPT terdiri atas banyak jenis organisme yang menyerang banyak jenis tanaman. Untuk keperluan mengatasi permasalahan perlindungan tanaman, sebagaimana nanti akan diuraikan pada tulisan lainnya, diperlukan pengetahuan mengenai berbagai jenis OPT tersebut. Dengan demikian berarti bahwa perlu dikenali setiap jenis OPT yang terdapat pada setiap jenis tanaman. Mengingat begitu banyak jenis setiap golongan OPT, pertanyaannya kemudian adalah bagaimana mengenali mereka? Tulisan ini akan menguraikan jawaban terhadap pertanyaan yang tampaknya mudah tersebut, tetapi sebenarnya sangat sulit untuk menjawabnya, apalagi melaksanakannya.

Sebelum menjawab pertanyaan bagaimana mengenali, mungkin terlebih dahulu perlu dijawab mengapa di bumi ini terdapat begitu banyak jenis organisme (organisms). Jawabannya adalah evolusi (evolution): bumi berubah sehingga untuk bisa bertahan maka organisme juga perlu berubah. Perubahan yang terjadi sebagai kebutuhan untuk bertahan itulah yang pada akhirnya, dalam jangka waktu yang sangat lama, menghasilkan jenis-jenis organisme yang begitu beranekaragam. Evolusi memang merupakan sebuah teori, tetapi teori yang telah didukung banyak fakta, meskipun belum secara tuntas. Meskipun belum diterima oleh semua kalangan, teori evolusi inilah yang dapat digunakan untuk menjelaskan mengapa di muka bumi ini terdapat begitu banyak jenis organisme dan bagaimana keanekaragaman organisme bisa terjadi. Untuk lebih memahami mengenai hal ini, silahkan baca tulisan 'Kita Mempelajari Organisme Pengganggu Tumbuhan: Tapi Organisme Itu Sebenarnya Apa dan Mengapa begitu Beranekaragam?' Untuk memperoleh pemahaman dasar yang benar mengenai evolusi, silahkan kunjungi dan pelajari pada situs Understanding Evolution: your one-stop source for information on evolution dari UC Berkeley. Baca terutama bagian Evolution 101 untuk memulai.

Peringkat taksonomik
dasar

Lalu beranekaragam itu sebenarnya apa? Yang dimaksud tidak mlain dan tidak bukan adalah keanekaragaman hayati (biological diversity atau biodiversity). Keanekaragaman hayati terdiri atas 3 taraf keanekaragaman: yaitu keanekaragaman genetik (genetic diversity), keanekaragaman jenis (species diversity), dan keanekaragaman ekosistem (ecosystem diversity). Ketiganya saling berkaitan satu sama lain karena keanekaragaman genetik menjadi dasar bagi keanekaragaman jenis dan keanekaragaman jenis menjadi dasar bagia keaneragaman ekosistem. Namun dalam kaitan dengan OPT, keanekaragaman jenis merupakan keanekaragaman yang tampak sebagai berbagai jenis OPT yang dihadapi oleh petani sehari-hari. Tapi kemudian, jenis itu sebenarnya apa? Pertanyaan ini juga tampak sederhana, tetapi tidak mudah untuk menjawabnya. Sebelum menjawab pertanyaan tersebut, sebaiknya perlu terlebih dahulu dipelajari klasifikasi hayati (biological classification). Klasifikasi hayati merupakan pengorganisasian organisme secara berperingkat dengan cara menggabungkan beberapa kelompok kecil ke dalam kelompok besar dan kelompok besar ke dalam kelompok lebih besar berdasarkan atas ciri bersama tertentu yang disepakati untuk setiap peringkat kelompok. Kelompok-kelompok organisme tersebut disebut takson (taxon, jamak taxa). Pengorganisasian organisme secara berperingkat tersebut dilakukan dengan menggunakan peringkat baku yang dikenal sebagai peringkat taksonomik (taxonomic rank). Yang dimaksud dengan keanekaragaman jenis dalam hal ini adalah keanekaragaman pada setiap peringkat taksonomik, meskipun jenis sendiri dalam arti sempit berarti spesies.

Dengan berbekal pemahaman mengenai klasifikasi hayati dan peringkat taksonomik ini, sekarang mari kita kembali kepada ketiga golongan OPT pada tiga tulisan terakhir sebelumnya. OPT golongan binatang merupakan bagian dari organisme golongan binatang, OPT golongan patogen merupakan bagian dari organisme golongan jamur, bakteri, dan virus, dan OPT golongan tumbuhan (gulma) merupakan bagian dari organisme golongan tumbuhan. Lalu binatang, jamur, bakteri, virus, dan tumbuhan itu sebenarnya apa dan bagaimana kaitannya dengan peringkat taksonomik? Untuk memperoleh jawaban atas pertanyaan ini, silahkan kunjungi situs TREE OF LIFE web project. Pada halaman utama situs terdapat gambar menyerupai pohon bercabang banyak. Silahkan klik gambar pada pangkal batang pohon sehingga tampil halaman berjudul Life on Earth. Pada halaman ini dijelaskan bahwa virus tidak digolongkan sebagai organisme dan kehidupan di bumi dipilah menjadi 3 domain besar, yaitu  Archaea, Eubacteria, dan Eucaryota, masing-masing merupakan takson dalam peringkat taksonomik domain. Anda juga dapat memperoleh informasi serupa dari situs UCMP Phyllogeny Wing.

Bagaimana dengan peringkat taksonomik taksonomik kerajaan (kingdom) ke bawah? Pada situs TREE OF LIFE web project, peringkat taksonomik dapat ditelusuri dengan mengklik tautan yang tersedia setelah mengklik tautan Archaea, Eubacteria, dan Eucaryota. Pada situs UCMP Phyllogeny Wing, peringkat taksonomik lebih lanjut dapat diperoleh dengan mengklik menu UCMP Taxon Lift dan kemudian memeriksa bidang paling atas pada halaman yang tampil. Dari kedua situs tersebut jelas bahwa pada umumnya bakteri merupakan organisme dalam domain khusus Eubacteria, sedangkan OPT golongan lainnya tergolong dalam domain Eucaryota. Binatang merupakan percabangan Unikonts-->Opisthokonts-->Animalia, jamur merupakan percabangan Unikonts-->Opisthokonts-->Fungi, sedangkan tumbuhan merupakan percabangan Archaeplastida (Plantae) yang kemudian bercabang dua: Green Plants dan Rodophyta. Percabangan ini menunjukkan bahwa jamur lebih berkerabat dekat dengan binatang daripada dengan tumbuhan. Dalam percabangan tersebut, seluruh cabang yang berasal dari satu titik cabang disebut klad (clade) sedangkan titik yang menghubungkan cabang-cabang tersebut merepresentasikan nenek moyang bersama (common ancestor).

Lalu Unikonts, Opisthokonts, dan Archaeplastida (Plantae) itu termasuk dalam peringkat taksonomik yang mana? Ketiga-tiganya masing-masing hanya merupakan satu cabang dari sebuah klad dan tidak setiap cabang suatu klad harus berada pada peringkat taksonomik tertentu, melainkan digunakan untuk menunjukkan asal-usul. Sistem klasifikasi berdasarkan atas asal-usul keturunan ini merupakan sistem klasifikasi modern yang disebut sistem klasifikasi filogenetik (phylogenetic classification system). Sistem klasifikasi ini berbeda dengan sistem klasifikasi sebelumnya, yaitu sistem klasifikasi fenetik (phenetic classification system) yang didasarkan semata-mata atas persamaan dan perbedaan ciri-ciri tanpa mempersoalkan asal-usul keturunan. Keduanya menggunakan peringkat taksonomik yang sama, tetapi sistem filogenetik menempatkan takson dalam peringkat taksonomik yang sama tidak selalu dalam kedudukan sejajar. Dalam sistem klasifikasi fenetik, semua takson dalam peringkat famili misalnya, diposisikan sejajar satu sama lain. Hal ini dimungkinkan karena sistem taksonomi fenetik ini tidak mempersoalkan asal usul.

Sekarang mari kita lanjutkan dengan menelusuri Animalia (binatang) sebagai kelanjutan percabangan Unikonts-->Opisthokonts-->Animalia. Lanjutkan dengan mengklik Bilateria. Klad Bilateria ini terdiri atas 3 cabang: (1) Lophotrochozoa yang salah satu cabangnya adalah Mollusca, (2) Ecdysozoa yang salah satu cabangnya adalah Nematoda dan satu cabang lainnya bercabang tiga yang salah satunya adalah Arthropoda, dan (3) Deuterostomia yang pada percabangan selanjutnya, salah satu cabangnya adalah Chordata. Chordata selanjutnya bercagang-cabang lagi dan salah satu cabangnya adalah Craniata, yang kemudian bercabang kembali dengan salah satu cabangnya adalah Vertebrata. Untuk menentukan kedudukan peringkat taksonomik dari cabang-cabang tersebut di atas, silahkan lakukan pencarian pada Wikipedia. Silahkan ketik 'animalia' dan lakukan penelusuran sehingga diperoleh peringkat taksonomik kerajaan (kingdom) Animalia. Dari hasil penelusuran tersebut akan bisa diketahui bahwa Lophotrochozoa, Ecdysozoa, dan Deuterostomia merupakan takson pada peringkat taksonomik superfilum, sedangkan Mollusca, Nematoda, dan Chhordata merupakan takson pada peringkat taksonomik filum. Silahkan lanjutkan mengklik tautan-tautan pada halaman Vertebrata sehingga akan diketahui bahwa buaya sebenarnya lebih berkerabat dekat dengan burung daripada dengan reptilia lainnya dan bahwa burung merupakan keturunan dari dinosaurus.

Tentu saja, dalam mempelajari OPT golongan binatang, perhatian perlu difokuskan pada cabang Arthropoda, Nematoda, dan Mollusca. Silahkan lakukan penelusuran lebih lanjut pada situs TREE OF LIFE web project, situs UCMP Phyllogeny Wing, dan Wikipedia, lalu bandingkan. Hasilnya mungkin tidak benar-benar sama, tetapi kurang lebih sama karena ketiganya menggunakan sistem klasifikasi filogenetik. Hanya saja, percabangan pada sistem klasifikasi ini memang belum disepakati, sebagaimana juga yang terjadi pada sistem klasifikasi fenetik. Dua cabang Arthropoda adalah Hexapoda, dengan Insecta sebagai satu dari empat cabangnya, dan Arachnida, dengan Acari sebagai satu dari banyak cabangnya. Penelusuran di Wikipedia menunjukkan bahwa Arthropoda merupakan peringkat taksonomik filum, Hexapoda merupakan sub-filum yang di dalamnya terdapat kelas Insecta (serangga), demikian juga dengan sub-filum Chelicerata yang di dalamnya terdapat kelas Arachnida dengan sub-kelas di antaranya Acari (tungau). Pemilahan filum Nematode ke dalam peringkat taksonomi kelas masih belum disepakati, kecuali satu kelas Secernentea. Filum Mollusca terdiri atas sejumlah kelas, di antaranya kelas Gastropoda yang beranggotakan siput dan siput tanpa cangkang.

Dalam mempelajari OPT golongan patogen, perhatian perlu difokuskan pada Fungi dan Eubacteria, sedangkan klasifikasi virus tidak termasuk dalam sistem klasifikasi filogenetik. Sistem klasifikasi filogenetik memilahkan kerajaan Fungi ke dalam filum Blastocladiomycota, Cytridiomycota, Glomeromycota, Microsporidia, Neocallimastigomycota, Ascomycota, dan Basidiomycota serta 4 sub-filum incertae sedis (belum dapat dimasukkan ke dalam salah satu divisi) dan satu filumi khusus Deuteromycota. Peringkat taksonomik sub-filum dan peringkat-peringkat di bawahnya dapat ditelusuri dengan mengklik tautan yang diberikan pada setiap takson dalam peringkat divisi tersebut, sedangkan uraian lebih lanjut dapat diperoleh dari tulisan 'Jamur atau Candawan: OPT Golongan Patogen Penyebab Penyakit Tumbuhan'. Domain bakteri sejati tidak dibagi lagi menjadi kerajaan maupun filum, melainkan langsung menjadi kelas. Di antara banyak kelas bakteri sejati tersebut, dua kelas yang mempunyai anggota sebagai OPT golongan patogen adalah kelas bakteri Gram positif Actinobacteria dan kelas bakteri Gram negatif Proteobacteria. Peringkat taksonomik di bawah kelas dapat ditelusuri dengan mengklik tautan yang diberikan pada setiap takson dalam peringkat kelas tersebut. Uraian mengenai sistem klasifikasi bakteri diberikan lebih lanjut pada tulisan 'Bakteri: OPT Golongan Patogen yang Tidak Kalah Penting'. Uraian mengenai kasifikasi virus yang tidak mengikuti klasifikasi filogenetik dapat diperoleh dari tulisan 'Virus: Organisme atau Bukan, Tetap Merupakan Patogen Penting pada Tanaman'.

Tumbuhan berbunga termasuk dalam kerajaan Plantae, sub-kerajaan Embryophyta, super-divisi Spermatophyta, divisi Magnoliophyta. Klasifikasi tumbuhan berbunga sistem klasifikasi filogenetik yang dikenal sebagai sistem APG-III. Menurut sistem ini, tumbuhan berbunga dipillah ke dalam 59 ordo, 45 ordo yang sudah ada pada sistem APG-II dan 14 ordo baru, dengan jumlah famili keseluruhan 415, 7 di antaranya merupakan famili incertae sedis (periksa daftar ordo dan daftar famili). Famili tumbuhan yang mempunyai banyak spesies sebagai gulma adalah Poaceae (44), Asteraceae (32), Cyperaceae (12), Brassicaceae (*), Lamiaceae (*) Fabaceae (6), Amaranthaceae (7), Scropulariaceae (*), Polygonaceae (8), Convolvulaceae (5), Euphorbiaceae (5), Malvaceae (4), dan Solanaceae (4), * menyatakan data tidak tersedia. Famili tersebut juga merupakan famili yang mempunyai banyak spesies tanaman. Spesies tumbuhan parasitik terdapat dalam banyak famili, di antaranya dalah famili Convolvulaceae, Lauraceae, Loranthaceae, Orobanchaceae, dan Viscaceae dengan banyak spesies parasitik di Indonesia. Cendana dan rafflesia juga merupakan spesies tumbuhan berbunga parasitik.

Untuk mengenali OPT yang begitu banyak tersebut, terlebih dahulu juga perlu dipelajari aturan pemberian nama terhadap takson organisme. Sebagaimana telah diuraikan, setiap takson organisme mempunyai nama ilmiah dalam bahasa Latin. Penamaan takson organisme diatur melalui tata nama (nomenclature) yang berbeda untuk kelompok organisme tertentu sebagai berikut:

• Tatanama algae, jamur, dan tumbuhan diatur melalui International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (ICN), dengan aturan yang berlaku sejak 2012 adalah Kode Melbourne. Sebelum itu, tatanaman algae, jamur, dan tumbuhan diatur melalui International Code of Botanical Nomenclature (ICBN), dengan aturan terakhirnya adalah Kode Wina (Vienna Code). Untuk peringkat taksonomik di bawah spesies bagi tumbuhan budidaya (tanaman), digunakan aturan tersendiri yang disebut International Code of Nomenclature for Cultivated Plants, dengan aturan terakhirnya adalah Versi 8 (2009).
• Tatanama binatang diatur melalui International Code of Zoological Nomenclature (ICZN), dengan aturan yang berlaku sejak 31 Desember 1999 dan amandemennya yang berlaku sejak 1 Januari 2012 adalah ICZN Edisi IV.
• Tatanama bakteri (dan termasuk arkaea) diatur melalui International Code of Nomenclature of Bacteria (ICNB), dengan versi termutakhir adalah ICNB Versi 1990.
• Tatanama virus diatur oleh International Committee on Taxonomy of Virus (ICTV), dengan versiti terakhir adalah ICTV Versi 2012.

Tatanama yang berbeda tersebut memungkinkan terjadinya perbedaan ketentuan mengenai nama ilmiah antar golongan yang berbeda. Misalnya, dalam tatanama binatang dikenal nama trinomial untuk peringkat taksonomik di bawah spesies, sedangkan dalam tatanama tumbuhan nama trinomial tidak diperbolehkan. Penulisan nama ilmiah binatang secara lengkap harus diikuti dengan nama author dan tahun, sedangkan penulisan nama ilmiah tumbuhan secara lengkap cukup diikuti dengan nama author (tanpa tahun). Nama author adalah nama orang yang memberikan nama ilmiah, bukan nama penemu, suatu peringkat taksonomik tertentu yang namanya diterima sebagai nama berlaku (tumbuhan dan kerabatnya) atau nama valid (binatang). Nama ilmiah valid untuk belalang kembara adalah Locusta migratoria (Linnaeus 1758) dan untuk belalang kembara timur jauh adalah Locusta migratoria manilensis (Meyen, 1835)(nama trinomial untuk sub-spesies belalang kembara yang terdapat di Asia Timur dan Asia Tenggara). Namun meskipun terdapat sejumlah perbedaan, terdapat satu persamaan mendasar bahwa yang diberikan nama ilmiah adalah mahluk hidup, bukan bagian-bagian mahluk hidup atau nama mahluk hidup yang digunakan sebagai keterangan. Misalnya, frase 'pemakan biji lantana' tidak boleh diikuti dengan nama ilmiah Lantana camara, demikian juga dengan frase 'efektivitas pengendalian kirinyu' tidak boleh diikuti dengan nama ilmiah Chromolaena odorata.

Tata nama berlaku bukan hanya terhadap takson pada peringkat taksonomi spesies, tetapi juga bagi seluruh takson pada peringkat-peringkat di atasnya. Perubahan sistem klasifikasi dapat menyebabkan nama takson berubah. Penelitian juga dapat menyebabkan nama takson berubah, nama lama menjadi tidak valid atau berlaku, digantikan oleh nama baru. Untuk itu, ketika akan menggunakan pemeriksaan nama ilmiah, perlu dilakukan pemeriksaan terhadap nama ilmiah yang digunakan. Dahulu pemeriksaan harus dilakukan dengan menggunakan jurnal-jurnal ilmiah dalam bidang taksonomi sehingga sangat menyulitkan. Kini pemeriksaan nama ilmiah dapat dilakukan dengan menggunakan banyak situs pemeriksaan nama ilmiah, di antaranya sebagai berikut:

·          Pemeriksaan nama ilmiah berbagai kategori mahluk hidup: GBIF Data Portal dan Catalogue of Life

·          Pemeriksaan nama ilmiah tumbuhan: The Plant List

·          Pemeriksaan nama ilmiah jamur: Species Fungorum

·          Pemeriksaan nama ilmiah algae: AlgaeBase

·          Pemeriksaan nama ilmiah bakteri: LPSN

·          Pemeriksaan nama ilmiah virus: ICTV

Mengingat pentingnya pemeriksaan nama ilmiah ini bagi mahasiswa maka saya sudah menyediakan layanan pemeriksaan nama ilmiah ini pada blog matakuliah Dasar-dasar Perlindungan Tanaman, blog matakuliah Ilmu Gulma, dan blog bimbingan skripsi Sumberdaya Skripsi. Tapi rupanya belum banyak mahasiswa, apalagi dosen, yang memanfaatkan layanan jasa tersebut.

Pengenalan OPT yang sangat beraneka ragam memerlukan pengetahuan mengenai apa itu organisme, bagaimana organisme diklasifikasikan, dan bagaimana organisme diberi nama ilmiah. Setelah memahami hal tersebut sebagai dasar, baru dapat dilakukan identifikasi (identification), yaitu proses untuk memberikan nama ilmiah yang valid dan berlaku terhadap suatu takson. Untuk melakukan identifikasi diperlukan data yang dapat berupa data molekuler maupun data morfologi. Berdasarkan data tersebut kemudian dilakukan identifikasi dengan menggunakan kunci identifikasi (identification key) tertentu untuk mencocokkan data dengan ketentuan untuk memutuskan bahwa berdasarkan data yang tersedia, nama takson tertentu dapat diberikan terhadap spesimen yang diidentifikasi. Kunci identifikasi dapat berupa kunci akses tunggal (single-access key) atau kunci akses ganda (multi-access key). Pada kunci akses tunggal, identifikasi dilakukan dengan memulai dari titik dan dengan mengikuti urutan yang telah ditentukan, setiap kali dilakukan pilihan terhadap satu karakter yang sesuai dari dua (dichotomous) atau banyak (politomous) pilihan yang disediakan. Pada kunci akses ganda, identifikasi dapat dimulai dari titik dan dengan mengikuti urutan mana saja yang pilihannya paling mudah ditentukan.

Dahulu identifikasi dilakukan dengan secara manual dengan menggunakan kunci identifikasi tercetak. Kini, seiring dengan perkembangan teknologi informasi, identifikasi dilakukan dengan menggunakan bantuan komputer dan Internet. Untuk memperoleh gambaran bagaimana identifikasi kini dilakukan dengan dukungan teknologi informasi, silahkan kunjungi situs Discover Life. Kunci identifikasi digital berbasis komputer kini tersedia dalam berbagai format program, antara lain berbasis Lucid dan Intkey (keduanya merupakan kunci multi akses, bandingkan). Silahkan periksa halaman Identifikasi OPT untuk mengenal dan mempelajari kunci tersebut, baik yang digunakan dalam jaringan (online) maupun luar jaringan (offline, diunduh dan kemudian diisntalasi). Contoh aplikasi dalam jaringan untuk melakukan identifikasi adalah xper³, yang dapat digunakan secara gratis setelah terlebih dahulu mendaftar. Silahkan mendaftar dan pelajari apa yang dapat dilakukan dengan xper³. Teknologi kini telah tersedia, terserah apakah Anda mau belajar untuk menggunakannya atau tidak.